Câu chuyện của Digimon World Next Order xoay quanh hai nhân vật chính: học sinh trung học năm ba Nhật Bản Takuto và Shiki. Takuto từng là một fan cuồng nhiệt của Digimon, thậm chí chí còn trở thành á quân trong một giải đấu quốc gia, nhưng từ đó cậu trở nên quan tâm hơn đến cuộc sống vị thành niên và chiêm ngưỡng tương lai của mình. Cậu và Shiki được đưa đến Digital World, nơi hai người gặp gỡ các Digimon đối tác của mình, bao gồm Agumon, Gabumon, Biyomon và Palmon. Họ cùng tham gia vào cuộc hành trình với bạn cùng lớp Kouta Hirose, người có đồng đội là Guilm và Himari Oofuchi.

Digital World hiện đang ở trạng thái hoàn toàn hỗn loạn. Là một số hóa, bạn có thể khôi phục lại trật tự cho thế giới trong game nhập vai thu thập quái vật Thế giới Digimon: Đơn hàng tiếp theo Hơi nước. Hãy tìm kiếm và tuyển dụng càng nhiều bạn đồng hành Digimon trung thành càng tốt để xây dựng lại Thế giới kỹ thuật số. Liệu bạn có thể cân bằng giữa công việc đào tạo và khám phá để ngăn chặn virus Digimon bị phân hủy gây ra sự hủy diệt hoàn toàn không?